Prodi Doktor Sistem Informasi Sekolah Pascasarjana UNDIP saat ini  mengembangkan 5 topik area penelitian, yang selanjutnya dibuat dalam wadah yang disebut pusat riset (research center) . Kelima pusat riset tersebut yaitu :

1. Digital economy and supply chain information system
2. Industrial information system
3. Health and safety information system
4. Energy and environment information system
5. Social Science Information System

Setiap mahasiswa yang masuk di Prodi Doktor Sistem Informasi UNDIP  langsung diarahkan untuk berintegrasi kedalam pusat riset tersebut. Pusat riset tersebut merupakan gabungan dari  Dosen-dosen dan mahasiswa Program Studi Doktor Sistem Informasi UNDIP yang memiliki kesamaan area riset. Sesuai dengan kebijakan Triple Helix, pusat riset tersebut menjalin kerjasama multi displin dan multi sektor antar fakultas, antar universitas, pemerintah, komunitas dan pebisnis.